押し寄せる怨霊の群れを前に、体力を使い果たした繭は足をもつれさせ、一瞬にして闇の中へと引きずり込まれた！
「お姉ちゃん！」澪は助けようと振り返るが、無数の怨霊に瞬く間に包囲されてしまう。
死闘の末に亡霊を退けたものの、そこにはもう姉の姿はなかった。
澪は暮羽神社の石段を駆け下りる。階段の下で兄妹の残影（浮遊霊：朽木へ向かう兄妹）を捉えた。
朽木の樹洞へ入り、墓前で悼む三人（地縛霊：墓の前の兄妹）を撮影。
墓標の足元で「紅い紐の日記 五」と「水晶の原石」を入手。
陰塚へ向かい、中央の墓を撮影（地縛霊：陰塚を調べる男）。「民俗学者の手記 十」と「セレスタイト」を拾う。
樹洞に戻り、民俗学者の弟子（地縛霊：朽木を調べる青年）を撮影し、「緑の表紙の日記 四」を入手。
再び神社へ上がり、脱出を手引きする記憶（浮遊霊：逃げる紗重、逃げる八重、手引きする樹月、逃げる双子と樹月）を撮影。
拝殿で村へ戻った少年（地縛霊：村へ戻った樹月）を撮影し、「紅い紐の日記 七」を入手。
外へ出ると、紅い蝶が夜空に舞い上がる（浮遊霊：繭へ導く紅い蝶）。
黒澤家へ向かう前に村の怨念を解くため、桐生家の開かずの間に入り惨劇の残影（浮遊霊：桐生家の惨劇）を撮影、「青水晶」を拾う。
怨霊「双子少女の人形」が襲来するが、黄泉を浄化する光で完全に祓う。
人形は「記録写真『皆神墓地』」を落とし、解放された少女（浮遊霊：感謝する少女）が現れる。
水車廊下を抜けて鍈火堂エリアへ向かい、川岸の隅で「双子人形 二十三」を撮影。
鍈火堂の床下をくぐり裏庭で遊ぶ子供たち（浮遊霊：遊びに誘う子供たち）と「地縛霊：裏庭に隠れる少年」を撮影。
鍈火堂の準備室で「双子人形 二十四」、玄関で「双子人形 二十五」と「地縛霊：玄関に隠れる少女」を撮影。
仏堂の隅で「地縛霊：仏堂に隠れる少年」を撮影し、「子供の手書きメモ 五」と「ガーネット」を入手。
仏堂の奥で「喚起」を使い木梯子を復元。地下道で「黄色く光る鉱石」を拾い「双子人形 二十八」を撮影。
石橋で待つ少女（浮遊霊：待つ少女）を撮影し、【サブイベント：桐生薊】が発生。
皆神墓地で「喚起」を使い隠し樹洞を出現させ、「子供の手書きメモ 六」を入手。
少女と少年の影（浮遊霊：墓地で待つ少女、墓地で遊ぶ少年）を撮影後、子供の怨霊三体を浄化。「地縛霊：遊ぶ少女」を撮影し、「子供の手書きメモ 七」と「薄紅水晶」を入手。
樹月の物置前で佇む樹月（浮遊霊：佇む樹月）を撮影。
物置内で交錯する二人（浮遊霊：すれ違う二人）と「地縛霊：見守る睦月」を撮影。「水晶の原石」「黒水晶の原石」を拾い【サブイベント：立花家】が発生。
二階で「地縛霊：囚われの少女」を撮影し、「緑の表紙の日記 五」「紅い紐の日記 四」を入手。
御園で村を去る宗方（浮遊霊：村を去る青年）を撮影し、「緑の表紙の日記 六」「ホスホフィライト」を入手。
立花家の双子の部屋で思い出（浮遊霊：昔日の立花家）を撮影し、「紅い紐の日記 八」を入手。
天の橋で三兄妹（浮遊霊：天の橋の三人）を撮影し、「水晶の原石」を入手。
全ての謎を解き、黒澤家へ。月は真紅の血月へと染まっていた。
白装束の繭が儀式の隊列を進んでいく。
繭の声が響く：
『選ばれた二人の巫女は……天へ昇り蝶となる……蝶となって村を救う。これで……いいの……』
儀式へ向かう繭
「お姉ちゃん……！」
橋の袂で「蝶の日記 四」を拾い、黒澤家へ入る繭（浮遊霊：黒澤家に入る繭）を追う。
土蔵の牢で民俗学者（浮遊霊：牢に囚われた男）を撮影し、「民俗学者の手記 二十」を入手。
雛壇の間で昔日の双子（浮遊霊：密談する姉妹）を撮影。
仏間で奥へ向かう繭（浮遊霊：渡り廊下へ向かう繭）を撮影し、「蝶の日記 十一」を入手。
渡り廊下で宮司（浮遊霊：巫女を迎える宮司）を撮影、「砂孔雀石」を拾い、歩く繭（浮遊霊：渡り廊下を歩く繭）を撮影。
祭壇へ向かう双子（浮遊霊：儀式に臨む双子巫女）を撮影。踏み板で隠し扉を開け、白装束の姿（浮遊霊：白着物の巫女）を撮影。
縄の御堂に入ると、無数の宮司が狂気の祭祀を執り行い、頭上には縄で縛られた真壁清次郎が吊るされていた！
祈祷とともに、息絶えた真壁は「人贄の楔」として虚へと投げ落とされた……
主祭・黒澤良寛が澪に気づき、宮司たちを引き連れ襲いかかる！
倒しても蘇る宮司と、影から奇襲する良寛との最も過酷な死闘が幕を開ける。
良寛の狂乱の叫びが響く：
『……八重……諦めよ……生き残った我らは……村のため……鬼隻として生きるほかないのだ……！』
澪は攻撃をかいくぐり、現れた良寛に黄泉浄化の光を撃ち込む！
最後の一撃を受け、老当主は悲鳴をあげる：
『紗重一人でも儀式を行わねばならぬ……八重……なぜ逃げたのだ……！』
戦闘後、梁の上で吊るされた真壁（地縛霊：真壁 清次郎）を撮影。
地下道へ駆け下りると、繭と紗重の重なる怨嗟の声が響く。
浅瀬で「双子人形 二十七」、倒れた亡魂（地縛霊：楔になれなかった者）、赤い柱の裏で「双子人形 二十六」を撮影。
巨大な地下空洞「贄座」へ到達し、祭壇へ向かう双子（浮遊霊：儀式前の双子）を撮影。
鳥居をくぐると過去の惨劇が蘇る——八重が逃げたため、紗重は一人で絞殺され虚へ投げ込まれた。
双子が合一しなかったため「大償い」が発生。闇の瘴気が噴出し、怨霊となった紗重と「楔」が全村人を虐殺した……
虚から「楔」が襲来！ 深淵の淵で最後の死闘が繰り広げられる。澪は想いと勇気を閃光に変え、致命的なシャッターでついに「楔」を完全に浄化する！
地面に止まる蝶（浮遊霊：虚へ導く紅い蝶）の場所で「残された手紙」を入手。
底知れぬ大穴の前で、探し求めた姉の姿（浮遊霊：虚の前に立つ繭）が佇んでいた。
「虚」の暴走を鎮め、「大償い」を止めるため、繭は微笑みながら澪の手を自らの首へと導いた。逃れられぬ宿命のもと、双子巫女の儀式「紅贄祭」は残酷な結末を迎える。
張り裂けんばかりの慟哭の中、紅い蝶へと姿を変えた繭は深淵へと舞い降り、闇を永遠に封印した。夜明けとともに一人森を抜け出した澪の首には蝶の痣が残り、尽きぬ想いを抱いたまま朝陽を見つめるのだった……