「這裡是哪裡？我為什麼會在這裡？」
私家偵探霧島長四郎在灰原醫院的正門口甦醒。
長四郎回想起，他是受到流歌的母親小夜歌之託，登島尋找行蹤不明的流歌。十年前島上發生神隱事件時，找到流歌等五名少女的刑警，正是他。
病床上的小夜歌
接受託付的長四郎
抵達島上的長四郎，從原因不明的昏迷中甦醒。抬頭仰望，天空高掛著一輪明月。他發現自己身處灰原醫院門口，並目擊了遭到警方通緝的灰原耀走進了醫院深處……
在清冷月光下甦醒的長四郎
長四郎醒來看見天空一輪明月
走進醫院的灰原耀
向前走去，長四郎拾起了自己掉落的物品：檔案資料霧島的記事本、錄音機，以及紀錄語音錄音帶「霧島的調查紀錄 一」。
看著熟悉的景象，長四郎回想起多年前，正是自己在這間醫院的地下，尋獲了遭遇神隱的流歌等五名少女。
當年獲救的五人之中，如今已有兩人離奇死亡。難道……十年前的事件尚未結束？
1樓：灰原醫院 玄關大廳
甫踏入灰原醫院玄關大廳，長四郎隨即遭到三名怨靈 刈谷克人、怨靈 苑原寄子與怨靈 胞月沙苗的猛烈襲擊。
長四郎手中並沒有能拍照除靈的射影機，但他裝備了小夜歌託付給他、能夠利用月光淨化靈體的特殊武器——靈石燈。
小夜歌託付的特殊對靈武器
利用靈石燈驚險擊退三名怨靈後，於右側的接待櫃檯上發現了檔案紀錄遊蕩相關注意事項。
前行至樓梯旁的電梯前，長四郎想起當年便是搭乘這部電梯抵達地下，進而發現流歌她們的……
此時，樓梯口突然傳來了孩童的聲響。循聲走上二樓，在左側護理站前聽見內部有動靜，他隨即開門進入。
詭異的孩童聲響引導著長四郎
2樓：護理站
在門口左側桌上，可取得檔案紀錄病歷 緋月淺蔥。
而在右側角落的書櫃裡，則可取得檔案資料助手的記述 一，內容記錄了來到灰原醫院的助手對於獨特療法的觀察。
調查完畢後，開啟右上方的門，進入內側的一般病房。
2樓：一般病房
前方病床上，赫然看見浮遊靈 長髮少女的孤寂身影。
於長髮少女所在的病床處，可取得充滿恐懼的檔案資料圖畫日記 一。
此時，後方的通道上浮現了浮遊靈 走過通道的助手的殘影。
步入後方通道，穿過輪椅旁掛著門簾的走廊，在盡頭的吸菸區目擊了浮遊靈 站在吸菸區的助手。
在吸菸區盡頭的菸灰缸上，長四郎發現了一把鐵製扁平鑰匙（上面寫著「手術準備室」），以及一份灰原醫院導覽圖。
取得物品準備折返至病房內時，卻遭到怨靈 胞月沙苗的突襲。
2樓：護理站
回到護理站，左側窗戶上浮現了浮遊靈 站在窗邊的男人。
而角落洗手台的鏡子中，則映照出浮遊靈 出現在鏡中的男人那猶豫不決的身影。
1樓：灰原醫院 玄關大廳
下樓後，右側通往手術室的通道上，浮遊靈 前往手術室的助手的殘影一閃而過，似乎在為即將進行的危險手術做準備。
進入方才看見浮遊靈的通道，使用鐵製扁平鑰匙開門。
向前穿越厚重的門簾，進入手術準備室。
1樓：手術準備室
於右側置物櫃內，取得了檔案紀錄雜誌「集體失蹤之謎」，報導中提及了朧月島的神秘疾病。接著由右上方的門進入『手術室』。
1樓：手術室
走近中央的手術台，看見浮遊靈 執行手術的醫生們正圍繞著病患，似乎在進行某種絕望的儀式性手術。
掀開中央覆蓋著白布的手術台，令人毛骨悚然的是，底下竟是一堆糾結的頭髮……隨即遭到了怨靈 緋月淺蔥充滿怨恨的攻擊。
掀開白布，底下盡是糾結的毛髮
歷經苦戰擊敗她後，獲得檔案資料圖畫日記 二。
之後在手術台上取得檔案紀錄驗屍報告 緋月淺蔥。就在此時，長四郎的餘光瞥見助手的浮遊靈走進了旁邊的資料室。
1樓：資料室
尾隨進入資料室深處，可拍攝到浮遊靈 桌前的助手。
於右側架上取得檔案紀錄關於朧月神樂。看到這份傳單，長四郎猛然想起，今天正是島上舉行十年一度祭典的日子……
在方才浮遊靈助手所在的桌子上，取得檔案資料助手的記述 二以及可以開啟診療室的鐵製細長鑰匙。
1樓：手術室
正欲開門返回手術準備室時，充滿悔意的怨靈 片桐省二突然現身擋住去路，隨即展開了一場戰鬥。
擋住去路的片桐省二
戰勝後，獲得了內部告發的檔案紀錄神隱事件報案資料。
但在返回玄關大廳的途中，走廊上又遭遇了兩名怨靈 胞月沙苗和怨靈 緋月淺蔥的前後夾擊。
1樓：灰原醫院 玄關大廳
滿身疲憊地回到玄關大廳，卻眼睜睜地目睹目標灰原耀正乘坐電梯往下移動。
眼下別無他法，只能尋找重新啟動電梯的方法了！
搭乘電梯離去的灰原耀
隨後，大廳中又遭到了怨靈 生島道彥和怨靈 白槻冬子的攻擊。
擊退怨靈後，進入電梯右側的通道內，使用剛入手的鐵製細長鑰匙開啟診療室的門並進入。
1樓：診療室
門口左側診間的桌上，可取得紀錄語音錄音帶「問診紀錄 相庭崇」，以及檔案紀錄月幽病與月亮的關係。
調查完畢後，經由右上方的門出去，即可抵達大廳的掛號櫃台內。
1樓：櫃台
進入櫃台區，左側看見浮遊靈 放置牌子的護理師。在她方才站立的櫃台上，順利取得了月之牌鑰 下弦。
進入後，隨即看見左側窗內有浮遊靈 藏起某物的助手。
1樓：病歷管理室
深入內部時，桌上的電話突然詭異地響起。接聽後，於桌上取得檔案資料助手的記述 三。
進入掛有門簾的房間，左側架子上可獲得一個刻有上弦、下弦圖樣的神秘朧月工藝盒子。
離開病歷室，往左沿路走到準備下樓處前，先進入左側的院長室。
甫一進入院長室，便看見浮遊靈 經過門前的院長的殘影。
1樓：院長室
辦公室左側的書架上，可取得揭露驚人內幕的檔案資料灰原院長的記述 一。
離開院長室，往左下樓前往地下一樓尋找另一把牌鑰。
靠近左側的鐵柵門，即可看見浮遊靈 格柵另一頭的助手。
地下1樓
伸手至鐵柵門內的桌上，順利取得另一半鑰匙——月之牌鑰 上弦。
如今齊備了上弦與下弦牌鑰，長四郎將其嵌入朧月工藝盒子，喀噠一聲，盒子開啟，獲得了檔案紀錄類似暗號的紙條。
帶著暗號返回院長室，調查辦公桌上的對講機面板，可看見與「類似暗號的紙條」上相同的九宮格數字鍵盤。
1樓：院長室
紙條上寫著：「猶如月滿無缺」。
長四郎推敲出這是一個「九宮格幻方」的數學謎題：即填入 1 至 9 的不重複數字，使直向、橫向、斜向相加的總和皆等於 15。
根據已知的數字，他於最底下一排輸入密碼：『276』。
按下按鈕後，機關聲響起，啟動了門口右側角落的文件櫃。
推開沉重的文件櫃，發現了一條隱藏的密道，通往地下研究室。
踏入密道進入地下研究室，隨即遭到怨靈 刈谷克人的再次攻擊。
地下1樓：研究室
將其淨化後，於病床旁右側的桌上取得了記載殘酷實驗的檔案紀錄月幽病研究紀錄。
繼續向前探索，下樓前往更深處的地下二樓。
沿路前行至盡頭，打開小木門。穿過木門後映入眼簾的是一部電梯，原來一樓大廳那部被灰原耀搭乘的電梯，最終通往的就是此處。
地下2樓
長四郎看著眼前的景象，腦海中清晰地浮現出十年前發現這個秘密空間、並救出神隱少女們的情景。
穿過地下二樓的小木門
大廳電梯隱藏的終點
當時五名少女的精神狀態異常，眼神呆滯地跌坐在地，而流歌的口中還不斷喃喃唸著一個令人不安的詞彙……
「歸來迎……」
「歸來迎……」
十年前，找到少女們的長四郎
獲救卻失去記憶的少女
獲救卻失去記憶的少女2
喃喃唸著「歸來迎」的年幼流歌
霧島長四郎在醫院搜尋流歌下落的過程中，意外發現了因本土連續殺人事件遭到警方通緝的嫌犯——灰原耀的蹤影。
灰原耀的父親，正是這座島上權勢顯赫、擔任灰原醫院院長的灰原重人。
考量到當年是在醫院的地下隱藏室發現遭綁架的少女，顯然灰原耀也以某種形式，深深涉入了這起神隱事件。
當年因無法掌握灰原耀的行蹤，致使他至今仍逍遙法外。霧島不願放棄搜查，毅然辭去了刑警職務，轉任私家偵探繼續追緝灰原。
而他長期追查的灰原，此刻就藏身在這間滿是怨靈的醫院之中。
或許，小夜歌託付尋找的流歌也身在此處……
霧島感覺眼前的景況與十年前的神隱事件有著太多不尋常的相似之處。於是，他握緊手中的靈石燈，再次踏入了十年前找到那五名少女的禁忌之地。